밀레니엄 타워에서 키류와 함께 싸운 뒤 반년.

일찍이 흉악무도한 야쿠자라 불리며 두려움을 샀던 마지마 고로는 난파된 배의 잔해와 함께 어느 외딴섬의 모래사장에 떠밀려 오고, 그 섬에 살던 소년 노아가 그를 구해준다.

처음에는 자신의 이름조차 떠올리지 못하는 마지마였으나, 이윽고 몸에 새겨진 문신과 곁에 있던 단도를 보고 어렴풋이 자신의 정체를 추측하게 된다.

그러던 중, 갑자기 대항해시대의 해적을 연상케 하는 불한당이 나타난다. 횡포를 부리며 어린아이에게도 무자비하게 폭력을 행사하는 그들을 쓰러뜨리고 배를 탈취한 마지마는 잃어버린 기억의 단서를 찾기 위해, 그리고 자신의 은인인 노아의 꿈을 이루어 주기 위해 광대한 바다로 항해를 나선다.

그러나 그 무렵, 무법자들의 낙원 매드란티스를 중심으로 한 주변 해역에서는 전설의 보물에 대한 소문이 은밀히 퍼지고 있었다. 마지마와 동료들은 보물을 둘러싸고 악당들이 눈을 번뜩이는 일촉즉발의 세계를 향해 뛰어들게 되는데――