ミレニアムタワーでの桐生との共闘から半年。

かつて最凶の極道と恐れられた真島吾朗は、難破した船の残骸と共に、孤島の砂浜に打ち上げられていたところを島の少年・ノアに救われる。

はじめは自分の名前すら思い出せない真島だったが、やがて身体に刻み込まれている刺青や、傍らに落ちていたドスなどから、うっすらと自分の正体に察しがついてくる。

と、そこへ不意に現れたのは、大航海時代の海賊然としたならず者たち。我が物顔で子ども相手にも容赦なく暴力をふるう彼らを打ち倒し、船を奪い取った真島は、失った記憶を取り戻す手がかりを得るため、そして恩人であるノアの夢を叶えるために、広大な海へ航海に出る。

しかしこの時、無法者たちの楽園・マッドランティスを中心とした周辺の海域は、伝説の財宝の噂で密かに沸き立っていた。宝を巡って悪党どもがにらみ合う一触即発の修羅の世界に、真島たちは飛び込んでいくこととなるのだった――